우선 일반 협동조합과 사회적 협동조합의 기관은 같다. 기관은 3종류로서 총회 또는 대의원총회, 이사회, 감사가 있다. 그리고 협동조합의 임원은 이사장, 이사, 감사이다.
첫째, 조합원 수가 200명 이하이면 ‘총회’를 만들어야 한다. 총회는 협동조합의 중요사항을 결정하는 필수적인 기관이고, 총회의 의장인 이사장과 조합원으로 구성된다. 예를 들어 정관의 변경, 협동조합의 합병, 조합원의 제명 등은 총 조합원의 과반수이상 출석과 출석조합원의 2/3이상 찬성으로 결정한다. 보통은 총 조합원 과반수 출석과 출석자 과반수의 찬성으로 결정한다.
정관에는 보통 다음과 같이 기재한다.『제00조(총회) ① 조합은 총회를 둔다. ② 총회는 정기총회와 임시총회로 구분한다. ③ 총회는 이사장과 조합원으로 구성하며, 이사장이 그 의장이 된다.』
둘째, 조합원 수가 201명 이상이라면 조합원을 대표하는 대의원을 21명 정도 뽑아 ‘대의원총회’를 만들면 된다. 조합원이 많으면 총회를 열기가 어렵기 때문이다. 단 협동조합의 합병ㆍ분할 및 해산 사항은 결정할 수 없다. 정관에는 보통 다음과 같이 기재한다.『제00조(대의원총회) ① 조합원의 수가 200인을 초과하는 경우 총회에 갈음할 대의원 총회를 둘 수 있다. ② 대의원은 조합원 중에서 선출한다.』
셋째, 이사회가 있다. 이사회는 의장인 이사장 1명과 이사 3명 이상으로 구성된다. 업무는 업무집행에 관한 의사를 결정하는 것이다. 즉 총회나 대의원총회에서 결정한 사항에 대하여 세부적인 사항을 결정하는 것이다. 만약 조합원 수가 10인 미만인 협동조합이라면 총회의 의결로 이사회를 두지 않을 수 있다.
정관에는 보통 다음과 같이 기재한다.『제00조(이사회) ① 조합에 이사회를 두고, 이사회는 조합의 업무집행을 결정한다. ② 이사회는 이사로서 구성하고 이사장 1인 외 부이사장, 전무이사, 상무이사 등을 둘 수 있다. ③ 이사장은 이사회를 소집하고 그 의장이 된다. ④ 이사회의 소집은 회의일 7일전까지 회의의 목적사항, 일시 및 장소를 기재한 서면을 각 이사에게 통지하여야 한다. 다만 긴급을 요하여 이사회 구성원 과반수의 동의가 있을 때에는 소집절차를 생략할 수 있다. ⑤ 이사 3분의 1 이상 또는 감사 전원이 회의목적 사항과 회의 소집이유를 기재한 서류를 제출하고 이사회의 소집을 요구할 수 있다. ⑥ 이사장은 제5항의 요구가 있는 때에는 7일 이내에 이사회를 소집하여야 한다.』
넷째, 감사가 있다. 감사는 협동조합의 업무를 감독하는 기관으로, 총회에 협동조합의 업무집행상황, 재산상태, 장부 및 서류 등을 보고한다. 또한, 이사장 및 이사가 명령, 정관ㆍ규약ㆍ규정 또는 총회의 의결에 반하여 업무를 집행한 때에는 이사회에 그 시정을 요구한다.
정관에는 보통 다음과 같이 기재한다.『제00조(감사의 직무) ① 감사는 연 ○회 이상 조합의 업무집행 상황, 재산상태, 장부 및 서류 등을 감사하여 총회에 보고하여야 한다. 반기별 감사보고서는 이사회에, 반기별 감사보고서를 종합한 종합감사보고서는 정기총회에 각각 제출하여야 한다. ② 감사는 예고 없이 조합의 장부나 서류를 대조 확인할 수 있다. ③ 감사는 이사장 및 이사가 법령ㆍ정관ㆍ규약ㆍ규정 또는 총회의 의결에 반하여 업무를 집행한 때에는 이사회에 그 시정을 요구하여야 한다. ④ 감사는 총회 또는 이사회에 출석하여 의견을 진술할 수 있다. ⑤ 제1항 및 제2항의 감사보고서 제출에 있어서 감사가 2인 이상인 경우 감사의 의견이 일치하지 아니할 경우에는 각각 의견을 제출할 수 있다.』
